유안재 로즈가든 장미의 RNA 데이터셋

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장미 유전자 데이터셋 | RNA & DNA 염기서열 분석

    2025년 03월 13일   Leave a Comment on 장미 유전자 데이터셋 | RNA & DNA 염기서열 분석   Posted in 유안재 로즈가든

RNA Datasets (as of May 2018)

SpeciesStudy AccessionCultivarInstrumentReference
Rosa agrestisRosa caninaRosa dumalisRosa elliptica subsp. InodoraSRP102579Illumina MiSeqHerklots et al. 2018
Rosa hybrid cultivarSRP120271SamanthaIllumina HiSeq 2000Unpublished; China Agriculture university
Rosa hybrid cultivarSRP128461Illumina HiSeq 2500Herklots et al. 2018
Rosa wichuraianaSRP133785YesterdayIllumina HiSeq 3000Unpublished; Research Institute for Agriculture, Fisheries and Food
Rosa hybrid cultivarSRP136240Pariser CharmeIllumina HiSeq 2500Unpublished; 
Rosa hybrid cultivarSRP139682himalayan wonderfirst redIllumina Genome Analyzer IIxUnpublished; 
Rosa caninaRosa elliptica subsp. inodoraRosa dumalisERP017359Illumina HiSeq 2500Unpublished; Czech Academy of Science
Rosa multifloraDRP003860Illumina HiSeq 2000Illumina MiSeqNakamura et al. 2017
Rosa chinensisSRP076472Green roseIllumina HiSeq 2500Unpublished; Flower Research Institute of Yunnan Academy of Ag
Rosa chinensisSRP128235Illumina HiSeq 4000Unpublished; Beijing Forestry University
Rosa palustrisERP023948Illumina HiSeq 2000Unpublished; Department of Biological Sciences
Rosa multifloraSRP056770Illumina HiSeq 2000Unpublished; Huazhong Agricultural University
Rosa chinensisSRP076470Gold MedalIllumina HiSeq 2000Gao et al, 2016
Rosa hybrid cultivarRosa rugosaSRP014686SimpasMarussiaVitalHaedangIllumina Genome Analyzer IIKim et al. 2012
Rosa hybrid cultivarSRP018535SamanthaIllumina HiSeq 2000Pei et al. 2013
Rosa hybrid cultivarSRP010182HaedangSympathyMarciaVital454 GS FLXUnpublished; KRIBB
Rosa hybrid cultivarSRP008252Samantha454 GS FLXUnpublished; China Agricultural University
Rosa chinensisSRP035933PallidaIllumina HiSeq 2000Unpublished; Flower Research Institute of Yunnan Academy of Agricultural Sciences
Rosa roxburghiiSRP048849Guinong 5Illumina HiSeq 2000Unpublished; Guizhou University

DNA Datasets (as of May 2018)

SpeciesStudy AccessionCultivarInstrumentReference
Rosa agrestisRosa caninaRosa dumalisRosa elliptica subsp. InodoraSRP102579Illumina MiSeqHerklots et al. 2018
Rosa chinensisSRP119598Illumina HiSeq 2500Yan et al. 2018
Rosa chinensisSRP119889Old BlushNextSeq 500Unpublished; Universite Paris-Saclay
Rosa chinensisSRP119907PacBio RS IIRaymond et al. 2018
Rosa arvensisRosa chinensisRosa chinensis f. mutabilisRosa chinensis var. spontaneaRosa gallicaRosa hybrid cultivarRosa lucieaeRosa majalisRosa moschataRosa odorataRosa odorata var. giganteaRosa pendulinaRosa rugosaRosa x damascenaSRP119986Illumina HiSeq 2500Unpublished; LIPM-INRA-CNRS
Rosa chinensisSRP120464Old BlushNextSeq 500Unpublished; Universite Paris-Saclay & ENS Lyon
Rosa chinensisRosa gallicaRosa laevigataRosa minutifoliaRosa moschataRosa persicaRosa rugosaRosa xanthinaSRP143586Illumina HiSeq 2500Unpublished; INRA
Rosa chinensisSRP092271Old BlushIllumina HiSeq 2500Han et al. 2017
Rosa hybrid cultivarSRP099618MElbilIllumina HiSeq 2000Unpublished; Beijing Forestry University
Rosa multifloraRosa hybrid cultivarDRP003860Illumina HiSeq 2000Illumina MiSeqNakamura et al. 2017
Rosa rugosaSRP101377RosaIllumina MiSeqUnpublished; Kunming University of Science and Technology
Rosa dumalisRosa elliptica subsp. InodoraRosa caninaERP017359Illumina HiSeq 2500Nakamura et al. 2017
Rosa clinophyllaRosa clinophylla var. glabraRosa clinophylla var. clinophyllaERP001366Illumina HiSeq 2000Puddu et al, 2015
Rosa odorataSRP037787WildIllumina HiSeq 2000Yang et al. 2014

장미(Rosa) RNA 및 DNA 데이터셋 정리 (2018년 기준)

장미(Rosa) 속 식물의 유전 정보를 분석한 연구 데이터가 공개되었습니다.
이 문서는 다양한 장미 품종과 야생종(wild species)의 RNA 및 DNA 염기서열 분석 데이터를 포함하고 있으며, 연구자들에게 중요한 유전적 정보가 제공됩니다.

🔹 데이터 주요 내용

  • 장미의 RNA 및 DNA 서열 분석 정보
  • 실험에 사용된 품종(cultivar) 및 종(species)
  • Haedang Rose를 포함한 한국 및 중국 연구 데이터
  • 분석 기법: Illumina HiSeq, PacBio RS II, 454 GS FLX 등 다양한 염기서열 분석 장비 활용
  • 연구 기관 및 연구자 정보

🔹 Haedang Rose 유전자 정보 포함
Haedang Rose는 한국에서 연구된 Rosa hybrid cultivar 중 하나로,
SRP014686, SRP010182 데이터셋에서 발견됩니다.

🔹 장미 유전자 연구의 활용 분야
✅ 장미 육종(Breeding) – 특정 특성을 지닌 장미를 개발하는 데 활용
✅ 향기 및 색소 연구(Fragrance & Pigment Study) – 장미의 향기와 색상을 결정하는 유전자 연구
✅ 질병 저항성 분석(Disease Resistance) – 특정 품종의 면역력과 병충해 저항성 연구
✅ 로즈힙(장미 열매) 품종 개발 – 건강 기능성 로즈힙 품종 연구

🌐 더 많은 연구가 진행되면서 장미의 유전적 다양성에 대한 이해가 깊어지고 있습니다.

출처: https://www.rosaceae.org/node/4807085

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Author: yuanje

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